棉籽殼可以發酵成飼料，棉籽殼含粗蛋白，是畜禽養殖的好飼料。但是，棉粕中含有對畜禽有毒的棉酚，當成飼料直接飼喂畜禽是有害的，因此需要發酵后才能當做畜禽飼料。棉籽殼行內通常分為大、中、小殼或以棉絨量大小而分為大絨殼、中絨殼、小絨殼、絨極少的甚至稱為"鐵殼"。
    根據剝殼機械的類型不同、棉花籽品種不同、產地不同、含水量不同、剝殼后碎棉仁粉過篩程度不同等。加工出來的棉籽殼的大小、顏色、棉絨長度、營養成份（含棉仁粉）也不一樣。 棉籽殼主要用于：養殖食藥用菌、作為飼料、飼養牲畜等。

    傳統的棉酚脫毒主要采用物理或化學的方法,成本高、操作繁瑣, 并且有一定的毒物殘留。近年來, 利用微生物發酵技術, 可使棉酚含量降低, 使棉餅中游離酚含量降至 0.02%~0.04%以下至飼用水平, 使可溶性蛋白含量提高 3~11 倍。這項技術充分利用新疆盛產的棉花副產品資源, 降低了養殖成本, 提高了養殖生產經濟效益。
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